El presumpte autor de la matança a Orlando va ser investigat en dues ocasions entre el 2013 i el 2014 per la FBI, per la seva possible vinculació amb grups terroristes. L'agent de la FBI Ron Hopper va confirmar en una roda de premsa que el presumpte autor dels trets es diu Omar Mir Seddique Mateen, de 29 anys i nascut a Nova York, i que va cridar l'atenció de les autoritats el 2013 per primera vegada

Segons Hopper, llavors Mateen va fer "comentaris incendiaris als seus companys de feina que van deixar entreveure el seu possible vincle amb terroristes", la qual cosa va fer que les autoritats registressin els seus antecedents, revisessin càmeres de videovigilància i l'entrevistessin fins en dues ocasions. L'oficial va confirmar que les recerques es van tancar per falta de proves i la impossibilitat de confirmar la veracitat d'aquests comentaris. Posteriorment, el 2014 va aparèixer al radar de les autoritats per la seva presumpta relació amb Moner Mohammad Abusalha, un terrorista amb nacionalitat nord-americana que va morir en un atac suïcida a Síria. La FBI va entrevistar Mateen, i després va determinar que "el contacte va ser mínim i no va constituir una amenaça".