El Govern central, el PP, PSOE i Ciutadans van culpar l'independentisme del fet que Barcelona no sigui la seu de l'Agència Europea del Medicament (EMA), mentre que els sobiranistes van atribuir el fracàs «al 155 i a la violència de la policia» de l'1 d'octubre passat. Barcelona va caure en la primera ronda de votacions en aconseguir només 13 punts. Amsterdam va ser l'escollida en la tercera votació per sorteig després d'empatar amb Milà.

L'alcaldessa de Barcelona, Ada Colau, creu que «ni la DUI ni el 155 han ajudat» i va assegurar que «Barcelona era la millor candidatura a nivell tècnic».

Per a la ministra de Sanitat, Dolors Montserrat, el fet que Barcelona fos descartada pels països de la UE per convertir-se en la nova seu de l'EMA és un «dany directe» de l'independentisme. En aquesta línia es va pronunciar també el ministre d'Afers Estrangers, Alfonso Dastis, que va expressar la seva esperança que «aquesta sigui l'última víctima del procés», encara que va assegurar que «això no ens aturarà, seguirem treballant per millorar cada dia el nostre país».

El coordinador general del PP, Fernando Martínez Maíllo, va donar l'«enhorabona» a Puigdemont i va confiar que sigui l'«últim efecte negatiu del procés independentista», mentre que el portaveu de Sanitat del PSOE al Congrés, Jesús María Fernández Díaz, atribuïa el fracàs de la Ciutat Comtal a la «inestabilitat política» a Catalunya.

També va responsabilitzar l'independentisme el líder de Ciutadans, Albert Rivera, que va lamentar que «el cop separatista deixi els barcelonins i Espanya sense aquesta seu europea».

Per la seva banda, l'expresident català Carles Puigdemont va remarcar que «fins a l'1 d'octubre Barcelona era la favorita», però amb «violència, retrocés democràtic i el 155, l'Estat ha sentenciat» la candidatura.

En la mateixa línia es va expressar l'exconseller de Salut Antoni Comín, que va considerar que la pèrdua es deu a l'«autoritarisme» de l'Estat espanyol. Comín va afirmar que Barcelona «era una de les millors opcions» per acollir l'EMA, però que «han fet que la candidatura naufragués» l'«autoritarisme, la repressió, la falta de qualitat democràtica de l'Estat espanyol» i també la «corrupció».

Comín va defensar que Barcelona «fins fa molt poc era la favorita» i va considerar que «ha passat a ser la perdedora» en particular «a partir del moment que el Govern espanyol ha suspès les institucions d'autogovern catalanes», en referència a l'aplicació de l'article 155 de la Constitució.

Per part d'Esquerra Republicana de Catalunya (ERC), Alfred Bosch va responsabilitzar el president del Govern espanyol, Mariano Rajoy, de l'eliminació de Barcelona i va apostar per «millorar per atreure inversió i millorar la vida de les persones».

Opinió compartida per Xavier Trias, exalcalde de Barcelona i president del grup municipal del PDeCAT, que considera que «ni l'Ajuntament de Barcelona ni el Govern de l'Estat han tingut un paper clau de lideratge per aconseguir la votació favorable de la majoria dels països de la UE».

El sector mèdic va acollir amb decepció l'eliminació de la candidatura i, a través de l'Organització Mèdica Col·legial (OMC), va manifestar que es tracta d'«una oportunitat històrica perduda».

La indústria farmacèutica va destacar l'excel·lent candidatura presentada per Barcelona, ja que al seu parer reunia les condicions idònies per acollir-la.

Farmaindústria va assegurar que Espanya se situa en el «primer nivell internacional en coneixement i experiència sobre el medicament» gràcies al «prestigi del Sistema Nacional de Salut, als seus professionals sanitaris i a les modernes infraestructures que posseeix».