A la primera fase del projecte a l'antic col·legi de Sant Ignasi s'han fet obres a l'ala sud, que dóna al carrer Viladordis, i a l'ala oest, on hi havia la Sala Ciutat. A la primera per fer-hi l'espai d'acollida dels pelegrins, i a la segona per preparar uns nous accessos a l'edifici. Han costat 456.000 euros.

La segona fase ha consistit en la restauració del claustre, obra pressupostada en 348.000 euros. També s'han canviat finestres i persianes de l'edifici del museu.

És la que queda pendent. S'ha de fer la nova entrada al museu des de la plaça Sant Ignasi i rehabilitar la mitgera que unia el col·legi amb l'església i va quedar al descobert amb l'enderroc de la Sala Ciutat. Costarà mig milió.