Científics de l’Institut Hospital del Mar d’Investigacions Mèdiques (IMIM) han desenvolupat una nova eina en línia que permet predir l’impacte de les mutacions del SARS-CoV-2 i veure en tres dimensions els moviments de les proteïnes que formen part del virus que provoca la covid-19.
Segons la investigadora de l’IMIM-Hospital del Mar Jana Selent, aquesta nova eina, que és una base de dades denominada SCov2-MD, «pot ajudar els investigadors a entendre el funcionament del virus i desenvolupar nous tractaments i vacunes».
L’eina està disponible en línia per a tots els investigadors a la web www.scov2-md.org i proporciona un gran nombre de simulacions del funcionament de les proteïnes del virus i recursos per predir com pot canviar la seva funció segons les mutacions que es poden produir en l’estructura d’aquest coronavirus.
Els impulsors de la iniciativa han assegurat que és l’única base de dades creada fins ara que combina simulacions de proteïnes amb dades de mutacions per estudiar el SARS-CoV2.
La base de dades SCoV2-MD conté informació detallada, a escala atòmica, dinàmica i en tres dimensions, de totes les proteïnes amb estructura tridimensional coneguda d’aquest coronavirus. En total, conté 360 gigabits de dades sobre la majoria de les 29 proteïnes que en formen part: quatre estructurals, setze no-estructurals i nou d’accessòries.
Les proteïnes són molècules bàsiques en el funcionament de les cèl·lules i, en el cas del SARSCoV-2, són les responsables de la seva capacitat d’infectar els humans i de la seva propagació, com la denominada proteïna espiga, que forma la característica corona que dona el seu nom a aquest tipus de virus.
La nova base de dades, impulsada pel Grup de descobriment de fàrmacs de l’IMIM, en col·laboració amb el Biophysics Institute (CNR-IBF) del National Research Council d’Itàlia, Paul Scherrer Institute de Suïssa i Dompé Farmaceuticio d’Itàlia, permet conèixer amb un grau de detall mai vist la seva estructura i el seu funcionament, així com predir la seva evolució al llarg de les diferents mutacions que ha tingut i que tindrà el virus.
Segons els seus autors, es tracta d’una de les més eines més potents creades fins ara combinant simulacions de l’estructura tridimensional de les proteïnes amb dades de mutacions en el virus responsable de la covid-19. Els investigadors, en connectar-se a la web, poden veure l’estructura de les proteïnes del SARS-CoV-2 gràcies a l’anàlisi feta pels creadors de la base de dades a partir d’informació generada per ells mateixos i la disponible en repositoris públics.
