El govern espanyol es desentén de l'espionatge del Centre Nacional d'Intel·ligència (CNI) al president de la Generalitat l'any 2019 –quan era vicepresident- que la directra del CNI, Paz Esteban, ha admès aquest dijous a la comissió de secrets oficials del Congrés dels Diputats. Fonts de l'executiu espanyol afirmen que el govern espanyol i el seu president, Pedro Sánchez, "ni sabia ni havia de saber res" de la tasca dels serveis secrets, malgrat que el resultat d'aquesta tasca d'espionatge es remeten directament al govern espanyol, i no al Tribunal Suprem. Fonts de l'executiu insisteixen en la seva aposta pel "diàleg" amb la Generalitat. Aragonès i Sánchez coincidiran divendres a les jornades del Cercle d'Economia a Barcelona.

El nom d'Aragonès consta entre el de les 18 persones que van ser espiades amb l'aval del jutge del Tribunal Suprem, Pablo Lucas, per part dels serveis secrets espanyols.

Segons ha transcendit de la comissió de secrets oficials, el president de la Generalitat va ser espiat el 2019, quan era vicepresident i conseller d'Economia.

El setembre del 2019 va ser nomenat coordinador nacional d'ERC. L'octubre del 2019 es va fer pública la sentència als líders independentistes, i van tenir lloc les protestes de Tsunami Democràtic.

Entre el llistat de 18 noms que ha mostrat, també hi ha el d'alguns membres de l'entorn de l'expresident de la Generalitat Carles Puigdemont a Waterloo com Josep Lluis Alay, cap de l'oficina de l'expresident, així com dos membres d'Òmnium entre els quals hi ha Marcel Mauri, i dos de l'ANC no confirmats. També hi consta el diputat de la CUP Carles Riera.

Segons fonts coneixedores del contingut de la compareixença, Esteban no ha explicat si per a aquestes operacions d'espionatge el CNI va utilitzar el sistema Pegasus.

Les mateixes fonts apunten que en el llistat de persones espiades pel CNI en relació amb el moviment independentista que Esteban ha desgranat a la comissió de secrets oficials hi ha altres càrrecs però també persones sense projecció pública.