Un informe de l'Agència Europea del Medi Ambient (AEMA) ha analitzat l'estat i qualitat de les aigües de bany (platges, rius o embassaments) a la Unió Europea. Pel que fa a l'estat espanyol, el 92,2% de les platges espanyoles presenten una qualitat de l'aigua excel·lent; un 7,3%, suficient o bona; però n'hi ha 9, un 0,5%, que es consideren insalubres. Entre aquestes, hi ha la platja del Rec del Molí de l'Escala, a la Costa Brava.

La insalubritat de les aigües del Rec del Molí es concentra sobretot a l'extrem sud de la platja, on es troba la desembocadura d'un canal de reg. Tot i això, no significa que la zona de bany no sigui apta.

Aquesta platja empordanesa rep una qualificació no favorable de les seves aigües des de fa tres anys. L'any 2016, l'organisme europeu acreditava la qualitat de l'aigua de la platja del Rec del Molí de "suficient".