La fusió hospitalària entre Sant Joan de Déu i el Centre Hospitalari de Manresa, que va ser oficial el 2002 amb la creació de la Fundació Althaia, i el posterior anunci, un any més tard, que tots els serveis hospitalaris es concentrarien a Sant Joan de Déu, va fer que el futur de l'edifici del Centre Hospitalari quedés a l'aire.

Disset anys després, es va aclarint. Tot i que encara s'hi presta assistència hospitalària, encara que poca i pendent de traslladar-se, ha anat derivant en una unitat de llarga estada i convalescència que a més a més és la seu d'una desena d'associacions de malalts. Recentment, també, el departament de Salut i la Fundació Althaia han iniciat converses perquè sigui la seu de la Regió Sanitària de la Catalunya Central, que ara és en uns locals de lloguer a la Muralla del Carme (vegeu Regió7 del 4 d'abrilRegió7). El Centre ha de tenir, també, un paper destacat en el tractament de malalties cròniques.

Des de la fusió i la posada en marxa de la part nova de Sant Joan de Déu, el futur de l'edifici del Centre Hospitalari ha passat per diversos estadis. S'ha parlat que Althaia el podria acabar venent, hi ha hagut peticions formals perquè s'estudiés la viabilitat de reconvertir-lo en una residència d'avis i fins i tot s'ha valorat que fos una extensió de la Fundació Universitària del Bages (FUB-UManresa), a la qual la posada en marxa de la facultat de Medicina va generar la necessitat de disposar de més espai. Aquest cas es va estudiar i es van fer visites a l'edifici, però es va acabar desestimant per qüestions tècniques.

Enmig de tot això el nou Pla d'Ordenació Urbanística Municipal (POUM) aprovat el 2017 va flexibilitzar la qualificació de l'edifici del Centre Hospitalari perquè pugui tenir més usos que els purament d'equipament assistencial. El 40 % podria ser residencial.

La fusió hospitalària entre Sant Joan de Déu (que aleshores es deia oficialment Hospital General de Manresa) i el Centre Hospitalari va ser convulsa. En un primer moment se n'hi va dir coordinació hospitalària per evitar duplicitats, optimitzar recursos i millorar l'assistència, segons el departament de Salut, que és qui va forçar unes converses que van tenir alts i baixos. Això era a final dels anys 90 i principi del 2000. En un primer moment es parlava tan sols d'unificar la direcció. Però a l'horitzó hi havia la idea de la fusió. Es va confirmar el 2002 amb la creació de la Fundació Althaia.