Lluís Gibert va néixer a Manresa el 1969. El seu pare, el paleontòleg Josep Gibert, era professor a l'institut Lluís de Peguera. Als 4 anys la família va marxar al Vallès. Gibert va tornar a tenir contacte amb la ciutat quan va fer la seva tesi doctoral a la Universitat Politècnica de Catalunya a Manresa. Va tenir de tutor el manresà Josep Maria Mata.