Les primeres notícies que ens arriben estan datades el 980 i parlen d'aquest espai com un castell, amb l'expressió «in castri Madronae»; és el 1060 quan ja s'esmenta l'església en una deixa testamentària del vescomte Dalmau de Berga. En el segle XIII esdevé parròquia adscrita al Bisbat d'Urgell; posteriorment, el 1593, va ser adscrita al recentment creat Bisbat de Solsona, mantenint la seva condició parroquial fins al segle XIX, quan es convertí en sufragània de Sant Bartomeu de la Valldan.
A Sant Pere de Madrona es dona una curiositat jurisdiccional que s'inicia el 1229, quan el bisbe d'Urgell decreta que les rendes d'aquesta parròquia fossin per al sagristà de Santa Maria de la Seu d'Urgell. Aquest privilegi es mantingué fins que el papa Urbà VIII va decretar que aquesta església havia d'estar regida per la comunitat de preveres de Berga, però amb el desembós del cànon de quaranta lliures al sagristà d'Urgell, fins que el 1853 va desaparèixer la dignitat de sagristà.
Sant Pere de Madrona fou profana el 1873 i, durant la Guerra Civil de 1936-1939, els iconòmacs varen cremar el retaule barroc i el cor; la campana, però, es va salvar, amagada a l'obaga i, posteriorment, col·locada en el campanar de la parroquial de Berga, on es pot llegir la inscripció «A Sant Pere i a Santa Madrona». Aleshores, potser, podríem parlar de l'aposició de dos sants: Simó Pere de Betsaida, la festivitat del qual es commemora el 29 de juny, i Madrona de Salònica, antiga patrona de Barcelona i substituïda per Santa Eulàlia i la Mare de Déu de la Mercè, la seva festivitat és el 15 de març a la Ciutat Comtal i, a la resta de l'orbe catòlic, el 25 de març.
La restauració de Sant Pere de Madrona es féu el 1943, quan també s'entronitza una imatge del seu titular amb tiara, portant les claus a la mà esquerra i beneint amb la dreta, tallada per Jaume Pujals. I, posteriorment, una segona i una tercera restauracions, a càrrec de la Diputació de Barcelona, el 1965 i el 2011.
Es tracta d'un edifici senzill però d'una aparença robusta, constituïda per una sola nau, orientada de ponent a llevant, on conclou amb un absis semicircular ultrapassat i cobert amb volta de quart d'esfera sobreeixida, que s'uneix a la nau per mitjà d'un petit tram de connexió per degradació, cobert amb volta de canó, mentre que la cobertura de la nau és amb volta de canó apuntada.
Hi ha tres obertures, una al centre de l'absis i una altra al mur de migjorn que ambdues tenen doble esqueixada, rematades amb arcs de mig punt adovellats; en canvi la tercera, al mur de ponent, és cruciforme.
La porta es troba a migjorn i s'esbadella com si es tractés d'un ull del rocam sempre obert, sota un arc de mig punt amb dovelles, i enquadrat en una arquivolta.
Aquest temple és l'expressió de la simplicitat en la pedra, que s'apuntala -a llevant i migjorn- per vèncer el desnivell i també es reforça a ponent, on s'apunta un campanar en espadanya. La teulada és de doble vessant i conformada amb lloses com en l'absis.
L'adjudicació de la titularitat d'aquest temple a Sant Pere sembla interpretar el desig de fer visible el que diu l'Evangeli segons Sant Mateu, (16, 13-19): «Tu ets Pere i sobre aquesta pedra edificaré la meva església (...)». I en aquest cas, es fa palès que es tracta de pedra sobre pedra, com si l'edifici fos un caprici del penyal enmig d'una cobertura vegetal, cercant un nivell pla coronant aquesta verticalitat, un autèntic setial per al primer dels apòstols i el primer dels pontífexs.
