Jorge Fernández Díaz va dirigir l'anomenada Operació Catalunya contra la família Pujol, segons publica el rotatiu 'El País' a partir d'una gravació a la qual han tingut accés aquest diari i el digital 'Fuentes informadas'. La cinta, enregistrada per l'excomissari de policia José Manuel Villarejo, recull una reunió al Ministeri d'Interior -aleshores comanat per Fernández Díaz- a mitjan desembre del 2012. Hi van participar ells dos i l'aleshores número 1 de la policia, Eugenio Pino. La conversa dura un quart d'hora i forma part de l'arxiu de l'excomissari, en aquest cas no incorporada a cap de les investigacions obertes contra ell. Els tres acorden denunciar dirigents independentistes amb els testimonis de Javier de la Rosa i Victora Álvarez.
A la conversa Villarejo informa Fernández Díaz que ha parlat amb diversos jutges, com l'aleshores degà de l'Audiència Nacional Santiago Pedraz, i que estan "totalment predisposats" a acceptar la denúncia contra els Pujol.
L'aleshores ministre interromp el discurs de Villarejo per recordar-li que la conversa que estan mantenint "no ha existit", i que el ministre "no en sap res". En un altre moment de la conversa afirma que negarà que ha existit "fins i tot sota tortura". A partir d'aquí pregunta si el cas es pot dur a l'Audiència Nacional, a la qual cosa Villarejo contesta que, al seu parer, sí.
Fernández Díaz demana, aleshores si la denúncia es pot presentar el mateix dia, i s'interessa, també, per si se'n poden presentar contra d'altres dirigents independentistes, com Artur Mas. Recorda als comissaris que estan davant d'una "qüestió d'estat" que afecta "la unitat d'Espanya".
