L'ANC ha presentat la querella al Jutjat d'Instrucció 32 de Barcelona per denunciar la vulneració de la intimitat i altres drets fonamentals de la presidenta, Elisenda Paluzie, i cinc membres de l'entitat amb Pegasus, entre els quals l'expresident Jordi Sànchez. Les infeccions als seus mòbils es van produir entre el 2017 i el 2020. L'objectiu de la querella és demanar al jutjat que ordeni les diligències i actuacions necessàries per esbrinar qui hi ha al darrere dels fets. La defensa, per l'advocat Toni Abat i Ninet, creu que els autors podrien ser membres dels poders públics de l'Estat. Concretament, apunten a membres del CNI o alguna divisió específica de les forces de seguretat de l'Estat, com la Policia Nacional o la Guàrdia Civil.

L'advocat ha explicat que la querella denuncia la vulneració de drets fonamentals, com la vulneració del dret a la intimitat o del dret d'associació. En el primer cas, les proves evidencien que s'ha utilitzat el 'software' per accedir a missatges, documents i comentaris privats dels afectats. Això pot constituir un o diversos delictes, tipificats a l'article 197 del Codi Penal. 

La utilització del programa d'espionatge "contra ciutadans escollits pel fet de tenir unes idees polítiques concretes i per ser membres d'organitzacions de la societat civil per aconseguir els seus objectius polítics legítims" té "un caràcter antidemocràtic i il·legítim", apunta l'advocat. I alerta que implicaria "una flagrant vulneració del dret fonamental a la intimitat, establert a l'article de la Constitució Espanyola i que desenvolupa la llei orgànica 1/1982". 

Els membres de l'ANC infectats amb Pegasus són Paluzie, amb quatre atacs i una infecció provada entre el 2019 i 2020; l'expresident de l'entitat, Jordi Sánchez (26 atacs entre 2015 i 2017 i quatre infeccions provades), i els secretaris nacionals Sònia Urpí (dos atacs amb SMS el 2020 i una infecció provada) i Arià Bayé (un SMS el 2020); i el membre de base de l'entitat Jordi Domingo (víctima via WhatsApp el 2019).